回师长安不久，姚兴又消灭了盘踞在武功（今陕西省旧武功）的割据势力窦冲。经过这些努力，后秦终于控制了陇东地区。

皇初三年（396年），姚兴先后占取成纪、上邽（两地皆在今甘肃省天水市西），势力达到天水郡。姚兴委任有将帅之才的其叔父姚硕德为秦州牧、领护东羌校尉，镇守上邽，为全面夺取陇西作准备。

同年年底，姚兴派叔父姚绪东渡黄河，攻占了原属西燕的河东地区。两年前，西燕被后燕慕容垂灭亡，河东地区遂为西燕大将柳恭控制。柳恭阻河自固，姚绪几次攻打都未能得手。直到借助汾阴大族薛氏的帮助，姚绪才在龙门偷渡成功。后秦大军一举拿下蒲阪，柳恭被迫而降。姚兴把河东划归并、冀二州，以姚绪为二州牧，镇守蒲阪。

第二年九月，姚兴之弟姚崇攻击鲜卑薛勃部，把后秦的疆域向北扩展到上郡（今陕西省榆林市南鱼河堡）一带。

后秦弘始元年（东晋隆安三年，399），姚兴开始蚕食东晋领土。当时坐在东晋国君宝座上的晋安帝是个白痴，朝廷大权由昏庸荒唐的司马道子、司马元显父子把持，政治异常腐败。几个强大的方镇觊觎中央的权力，多次举兵内向，兵车屡动，战乱频仍，社会动荡不安。姚兴乘东晋衰乱，一再发兵东进，先是逼迫东晋的弘农（今河南省灵宝县北）太守、华山（今陕西省华县）太守以地归附，进一步占据上洛（今陕西省商县）。在扫清障碍之后，姚兴命其弟姚崇、镇东将军杨佛嵩攻取古都洛阳。后秦的军队在金墉城下遭到东晋河南太守夏侯宗之的顽强抵抗，未能取得战果。金墉在洛阳的西北角，城小而固，是攻战戍守、保卫洛阳的要地。姚崇久攻不下，转而向东扫平柏谷（今河南省偃师东南），并将周围一带的百姓二万余户尽数迁到关中。之后，姚兴再度命姚崇和杨佛嵩率军围攻洛阳。这时，东晋新任的河南太守辛恭靖一面婴城固守，一面派人向雍州刺史杨佺期求救。杨佺期请求初入中原兵力正强的北魏政府出兵解围。在极端困难的条件下，辛恭靖坚守百余天。然而北魏的救兵始终没有出现。两个月后，洛阳城被后秦攻破。洛阳城破，影响很大，淮河、汉水以北的许多地方势力都归附了姚兴。

在动乱的十六国时期，姚兴是一位有作为的少数民族君主。在前期，他关心政事，比较好地处理了统治集团内部的关系。军事上，姚兴信任和使用两位能征善战的叔叔姚绪和姚硕德；政治上，他依靠的是足智多谋的尹纬。他能够倾听臣下的意见，注意提拔一些有才能的人担任重要官职。攻占洛阳后，姚兴命令百官为朝廷荐举有真才实学的人。有的臣下曾抱怨世间人才太少，姚兴反驳说：“自古以来，有作为的帝王使用人才，既不能找先贤，也不能等后人，他们随时选拔人才都能取得成功。你自己没有识人之明，怎么能说天下没有人才呢？”兵部郎边熙认为军令烦苛，姚兴根据他的建议删削了过滥过重的部分。城门校尉王满聪不满意姚兴出游晚归，以天黑不辨奸良，不开城门。姚兴只好从别门而入。第二天，为了嘉奖王满聪尽忠职守，姚兴特意提升了他的官职。

为澄清吏治，姚兴采取严厉措施打击贪官污吏。对于比较清廉的臣属，他不仅给予物质上的奖励，还下书表彰，越级提拔他们的职务。后秦在长安办有律学，学员都是地方郡县的闲散官吏。经过一段时间的法律学习之后，学有成绩的人被派回原地负责司法。姚兴规定，凡州郡县地方政府不易判定的案例，一律报请中央政府裁决。他本人经常在咨议堂，旁听判决，尽量避免冤狱的发生。

姚兴还曾发布命令，要求各地政府释放因灾荒贫困而自卖为奴的百姓；禁止百姓制造锦绣和过多地进行宗教祭祀；安葬阵亡的将士和抚恤他们的家属等等。此外，他本人以身作则，厉行节俭，从不用金银装饰的车马器物。在姚兴的带动之下，后秦上下崇尚清素，达官贵人也不敢肆意奢侈浪费。这些措施，对于阶级矛盾的缓和和关陇地区经济的恢复与发展，无疑是有益的。

姚兴继承姚苌的政策，大力提倡儒学，兴办学校。当时，许多着名的学者如天水姜龛、东平淳于岐、冯翊郭高等云集长安，讲学授徒，各有弟子门生数百人，远道而来的求学者竟达上万人。洛阳城内的凉州硕儒胡辨，弟子千余人，关中不少青年人慕名前去就学。姚兴特别指示各地关卡，对来往的儒生，一律放行，不许刁难。姚兴素以精通典籍声闻遐迩，政务之暇，经常在内宫召见学者，和他们一起讲论道艺，错综名理。其中一些善于为文的人，被姚兴安排在身边，参管机密，起草诏书。姚兴提倡儒学意在维护统治，但在客观上为保存和发扬汉族传统文化做出了贡献。

姚兴比较注意军纪。史书上讲，他的军队“军令齐整，秋毫无犯，祭先贤，礼儒哲”。由于能够作到“军无私掠”，后秦的军队，最初的名声还是比较好的。

后秦的西邻是一个乞伏鲜卑人建立的国家。它的国号也叫作秦，史称西秦。乞伏鲜卑人原居漠北，西晋时期开始迁徙到陇西。淝水战后，其部落酋长乞伏国仁招集诸部，拥兵自立，有众十余万人，逐渐割据陇西。乞伏国仁曾依附于苻登，受封为苑川王。乞伏国仁死后，其弟乞伏乾归改称河南王，建都金城（今甘肃兰州市西北）。苻登败死后，乞伏乾归击杀仇池王杨定，尽有陇西、巴西之地。后来，乞伏乾归连续战胜后凉和吐谷浑，获取大量的人口和土地。

乞伏乾归本来就是后秦统一关陇、进军河西的障碍。西秦国力日强，特别是弘始二年（400年）乞伏乾归把首都从金城东移至苑川（今甘肃榆中县大营川地区），更使姚兴感到不安。这年五月，姚兴命令姚硕德将兵五万，由南安峡进击西秦。乞伏乾归亲自从苑川赶到前线，两军在陇西城（今甘肃陇西南）下形成对峙。由于深入敌境，人地生疏，樵道又被切断，后秦军队逐渐陷入困境。姚兴得到报告，立即封锁消息，远程跋涉，亲自增援姚硕德。